フィールドデータの解析覚書3

unmarkedと同様にdynamic occupancy modelを解析できるソフトとして、USGS（合衆国地質調査所）のウェブサイトでPRESENCEというソフトが公開されています。SRTM解析のときといいほんとうにUSGSにはお世話になっています。このソフトでは、閉鎖系のとき（つまり季節による変化は想定しない＝single season)と、季節変化も想定したmultiple seasonのときの両方で解析可能です。上記のウェブサイトに”Worked Examples and Exercies in PRESENCE"という練習メモがあります。どこまでも親切です。これとユーザーマニュアルをみながらこのソフトを使えます。

なので、詳しくはそちらを参照したほうがよいのですが、ちょっと引っかかりやすい場所だけメモしておきます。

まず、File＞New projectとして新しい作業を開始します。このとき右下にでてくる"Input Data Form"をクリックするとデータシートがでてきます。Excelデータからコピペできるのですが、まずデータはサンプルの一つNSO_psg209.xlsを示すと下記のようなものです。1997,1998は年（マニュアルなどでは年を季節=seasonとよみかえて表現しています。その下の1,2,3,4,）は調査回です。Territoryは調査地です。あとはいる（1)、いない(0)、と欠測(-)があります。このデータをコピペするときには0,1部分だけを選択してコピーします。

そしてPRESENCEに貼り付けるときに、まず左上のセルを選択し、下記の場所から"Pate values"をつかって貼り付けてください。

そして、下記の#srvy/seasn欄に各季節の調査回数を記入します。これをしないとPRESENCEにデータの階層を理解してもらえません。

ここでFile>save asを押します。"Use last col of data as frequency"というダイアログではNoを選択、これでpaoというファイルをつくらないとそのあとの解析がすすみません。

トップ画面に戻ってOKを押すと、プロジェクトのフォルダが作られます。こうしてファイルを整理してからRus>analyzeと分析を進めてゆきます。