Rでの一般化線形混合モデル（GLMM）解析、はじめの一歩、つづき

RとパッケージglmmMLがそろったらデータを用意します。サンプルデータが北大の久保さんのウェブサイトにあり、岩波書店から出版されているご著書（7.4.1の章）と比べながら作業できます。（下記ウェブサイトからサンプルデータをダウンロード可能）

生態学データ解析 - 本/データ解析のための統計モデリング入門

なお、RではExcelのCSVデータを読むことができます。サンプルデータをわかりやすいところに保存しておいたら、Rを立ち上げてコンソールに次のように打ち込みます。

>d<-read.csv(file.choose())

このdは読み込ませたデータセットにつける名前です。なので、違う名前でもよいわけで、下記ではdata1とつけています。また、コンソールのあとに「＜ー」となっていますが、イコールと同じ意味です。慣れている人は上記のfile.chooseというコマンドを使わないでできるようですが、初心者にはこのコマンドが使いやすいのでした。しかし、フォルダやファイル名は英名にしておいたほうが無難だと思います。

するとどのファイルを読み込ませるか、指定できますので先ほど保存しておいたフォルダに行って、ファイルを選べばOKです。久保さんのサンプルデータは次のようになっています。idの列は個体番号を示しているようですが、このままではただの数値になってしまうので指定する必要があります。このあたりは久保さんの本に丁寧に解説されています。